第一，加强制度宣传，优化纳税辅导。环境保护税制度综合考虑了环保目标与企业负担之间的关系，在立法上沿袭了原有排污收费制度的相关规定，转而通过提高立法层级的方式，强化环保执法的刚性。同时，《环境保护税法》　设定了更为细化的税收减免机制。环保部门和税务部门应联合加强环境保护税的宣传工作，优化纳税辅导，增加企业对环境保护税的了解程度，减少企业顾虑，从思想意识上为费转税平稳过渡做好准备，减少法律和政策的调整对经济系统造成的人为冲击。此外，应结合上海的产业转型政策，着力对环境保护税制度的税收优惠政策予以宣传，落实税收对绿色产业的促进作用。
　　
　　第二，加强部门协调，强化执法力度。在排污收费制度体系下，排污量的认定权和排污费的征收权是一体的，均为环保部门；而在环境保护税制度下，认定权与征收权分离。在税额认定过程中，税务部门需要环保部门的配合。在费改税的落实过程中，一方面要加强税务部门和环保部门协调机制的建设，另一方面也应完善对环保部门的监督和激励机制，避免因排污费征收权的剥离而出现执法力度下降甚至权力寻租的情况。